Le pape François a été inhumé lors d'une cérémonie privée à la basilique Sainte-Marie-Majeure. Le tombeau a été préparé derrière une barrière en bois, à l'intérieur de la basilique, qu'il avait choisie pour être près d'une icône de la Vierge qu'il vénérait et devant laquelle il priait souvent. Le choix du souverain pontife pour être enseveli ces lieux en dehors du Vatican n’est pas fortuit. En effet, avant et après chaque voyage à l’étranger, François se rendait à la basilique pour prier devant le tableau de style byzantin, le Salus Populi Romani (Salut du peuple romain). Alors que le ciel ensoleillé accueillait une foule de sympathisants à Rome, des dizaines de milliers de personnes se sont rassemblées sur la place pour assister à la cérémonie, présidée par le cardinal Giovanni Battista Re, et beaucoup ont fait la queue dès les premières heures à l'extérieur de la place. La sécurité autour du Vatican était sans précédent, les autorités italiennes ayant déployé plus de 2 500 policiers et 1 500 soldats, fermé l'espace aérien au-dessus de la Cité du Vatican et stationné un navire torpilleur au large des côtes, ont rapporté les médias italiens. Des applaudissements et des acclamations ont retenti lorsque le cercueil en bois de François, incrusté d'une grande croix, a été transporté par 14 porteurs gantés de blanc à travers les portes principales de la basilique Saint-Pierre jusqu'au service funèbre en plein air.
Parmi les personnes en deuil figuraient des membres de la famille royale et des dirigeants mondiaux, dont le président américain Donald Trump, qui s'étaient fréquemment opposés à François en raison de leurs points de vue très divergents sur l'immigration. Le président français Emmanuel Macron, le secrétaire général des Nations Unies Antonio Guterres, les dirigeants de l'Union européenne, le prince William du Royaume-Uni et des membres de la famille royale espagnole étaient également présents. L'ancien président américain Joe Biden était également présent, aux côtés d'autres dirigeants mondiaux, dont le président argentin Javier Milei, le président brésilien Luiz Inacio Lula da Silva et le général libanais Joseph Aoun.
Alors que les dirigeants mondiaux observaient depuis les coulisses, le cardinal Giovanni Battista Re a prononcé une homélie funèbre émouvante, décrivant François comme un défenseur acharné de la paix et de la dignité humaine. « Face aux guerres qui font rage ces dernières années, avec leurs horreurs inhumaines et leurs innombrables morts et destructions, le pape François n'a cessé d'élever la voix pour implorer la paix et appeler à la raison et à une négociation honnête pour trouver des solutions possibles », a déclaré Battista Re. Il a également salué la lettre papale historique de François sur le changement climatique et a souligné ses nombreuses visites dans des endroits comme Lampedusa et Lesbos, où le pape a rencontré des migrants et des réfugiés dans des camps de détention. Des jeunes du monde entier étaient venus à Rome pour se réjouir ce week-end de la canonisation de Carlo Acutis, le premier saint millénaire de l'Année Sainte du Vatican. Ils ont fini par dire au revoir au pape François. Un participant a déclaré que François « a toujours dit qu’il fallait être joyeux dans la vie, qu’il fallait vivre la vie de la même manière ». Même ceux qui avaient été déçus par la suspension de la canonisation ont été heureux de pouvoir célébrer François, aimé de beaucoup pour son humilité et son souci des pauvres.